Låst

interprétation ADN autosomal

rudrine59
male
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Bonjour à tous,

je me permets de faire appel à vos connaissances solides en matière de généalogie génétique afin de m'aider à interpréter les résultats de mes tests.

Voici les résultats de mon test sur my heritage:

Ouest et n-européen : 80,4%

Nord-africain : 9,5%

Somalien : 1,7%

Nigérian : 1,0%

Moyen-oriental : 7,4%

Souhaitant investiguer sur mes origines nord-africaines et moyen-orientales (impossibilité de le faire par la famille ou les archives), j'ai utilisé le caculateur dodecad Africa 9 dont voici les résultats:

Africa9 Oracle results:

Admix Results (sorted):


#

Population Percent

1 Europe 54.5

2 SW_Asia 32.94

3 NW_Africa 7.54
etc.


Single Population Sharing:


#

Population (source)

Distance

1 Morocco_Jews 8.63

2 North_African_Jews (Dodecad) 16.26

3 Tuscan 17.85

etc

Mixed Mode Population Sharing:

Africa9 4-Ancestors Oracle



Finished reading population data. 54 populations found.
9 components mode.

--------------------------------

Least-squares method.

Using 1 population approximation:
1 Morocco_Jews @ 8.250006
2 North_African_Jews_Dodecad @ 15.340573
3 Tuscan @ 16.773010

Using 2 populations approximation:
1 50% North_African_Jews_Dodecad +50% North_Italian @ 5.992585

Using 3 populations approximation:
1 50% Egypt +25% French_Basque +25% Tuscan @ 3.565957


Using 4 populations approximation:
++++++++++++++
1 Egypt + French_Basque + Morocco_Jews + North_African_Jews_Dodecad @ 2.308463
2 Egyptans + French_Basque + Morocco_Jews + North_African_Jews_Dodecad @ 2.317401
3 Egyptans + French_Basque + Morocco_Jews + Morocco_Jews @ 2.637367
4 Egypt + Morocco_Jews + North_Italian + North_Italian @ 2.886528
5 Egyptans + Morocco_Jews + North_Italian + North_Italian @ 2.964638


Tout d’abord, compte tenu de mon "profil" génétique, le recours à ce calculateur est-il pertinent ?

En outre, je peine à interpréter convenablement ces résultats. Les populations « Morocco Jews » et, plus secondairement « North african Jews », apparaissent très fréquemment avec une « distance » basse. Est-ce que ce la signifie que mon ADN s’apparente à celui de ces populations ? Ou cela confirme-t-il que je possède dans mes ancêtres proches des judéo-marocains, judéo-nord-africains ?

En vous remerciant de l’intérêt porté à mon message et de votre bienveillance dans le traitement de cette demande émanant d’un néophyte ?

Très cordialement

rudrine59
male
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Bonjour,

je souhaiterais avoir votre avis sur le calculateur dodecad africa 9.
Est-il pertinent lorsque nos origines ethniques sont 80% ouest et N européen et 20% nord-africain et moyen-oriental? (my heritage)
Merci d'avance!

ffoucart
male
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Bonjour,

Et vos origines véritables? Donc pas celles de MyHeritage (pour info, j’ai 10% de Nord Africain avec eux, donc je suis circonspect).

Sinon Dodecad, c’était Dienekes. C’est hyper vieux et je ne sais même plus ce qu’il y a dedans. A priori ce n’est intéressant que pour les Africains pour essayer de trouver leurs différentes origines. Donc pas pour un Européen.

Bien cordialement,

PS je viens de lire un truc sur Dodecad Africa 9, et c’est ce que je pensais. C’est fait pour les personnes Africaines ou à dominante africaine (y compris Afrique du Nord) mais avec un apport Européen.

Dans votre cas, vos résultats risquent d’être bizarres.

rudrine59
male
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Bonjour,

merci pour votre réponse, je possède bien des origines africaines. Je sais simplement que mon GPP (décédé avant ma naissance) est né à Djibouti mais je ne dispose d’aucune autre information (pas d’état civil indigène avant 1935) d’où le recours à la génétique.
Dans ce cas , le recours à dodecad africa9
est-il pertinent ?
Merci d’avance

ffoucart
male
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GPP? Arrière-grand-père?

Non, je ne pense pas que cela puisse marcher. Le calculateur est fait pour des Africains, pas pour des Européens avec une composante Africaine minoritaire.

D'autant que la base de comparaison est très limitée.

Si vous voulez vraiment essayer de "cracker" cette ascendance, demandez à David votre G25 (alias Davidski du blog Eurogenes) et faites des simulations avec Vahaduo. Il a suspendu ce service depuis quelques temps, mais il faudrait voir s'il n'a pas recommencé (et je pense qu'il y a une solution alternative).

Bien cordialement,

rudrine59
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Merci beaucoup pour vos précieux conseils ! Pour info, il s’agit bien de mon grand-père paternel.
Très cordialement

eikvarnier
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Bonjour,
rudrine59 skrev:
18 juni 2021, 19:18
Bonjour,

je souhaiterais avoir votre avis sur le calculateur dodecad africa 9.
Est-il pertinent lorsque nos origines ethniques sont 80% ouest et N européen et 20% nord-africain et moyen-oriental? (my heritage)
Merci d'avance!
Non ça ne sera pas pertinent.

Tout ajustement multi-composantes pour être pertinent doit intégrer toutes les composantes présentes dans l’élément à décomposer (si les composantes en question étaient indépendantes on pourrait s'en sortir ... hélas avec l'ADN humain c'est très loin d'être le cas).
Dans votre cas, avec 80% de West European, vous ne pouvez pas y couper, si vous voulez étudier votre mélange génétique, il vous faudra un modèle qui contient les composantes européennes.

Sinon, en tentant d'interpréter votre ADN avec un modèle qui ne contient que des composantes africaines/sémitiques, vos composantes Européennes vont juste produire du n'importe quoi de façon difficilement prédictible.
Et plus vos origines européennes sont forte, plus important sera ce signal de "n'importe-quoi" qui gommera tout signal réel.
Donc le Dodecad Africa9 n'est pas utilisable en l'état pour vous.

Dans l'idéal ce qu'il vous faudrait, c'est un modèle avec une forte diversité au niveau des populations africaines, et les quelques populations européennes clées qui permettraient de projeter cette partie de votre génome hors de la partie africaine pour éviter la production de "faux signal". Hélas, la plupart des modèles en ligne proposent plutôt l'inverse: une forte diversité en Europe et quelques grandes populations en Afrique.

Autre solution: si MyHeritage vous donne les segments qui correspondent à vos origines Africaines (je sais que 23andme le fait, mais je ne sais pas pour MyHeritage), créez un nouveau fichier de raw-data qui ne contient que ces segments (supprimez tout les autres) et tentez une analyse avec Dodecad Africa9. Peut-être que cela donnera quelques chose.
C'est une technique de base en traitement du signal: "quand ton modèle ne peut pas expliquer un truc ... tu le masques !!!"

Bonne recherches,
E.

PS:
ffoucart skrev:
18 juni 2021, 23:42
Et vos origines véritables? Donc pas celles de MyHeritage (pour info, j’ai 10% de Nord Africain avec eux, donc je suis circonspect).
J'aurais une ou deux question car votre remarque m'intrigue,
Comment décidez vous de ce que sont vos origines véritables ?
Quels sont les arguments objectifs qui vous permettent de mettre en doute ces "10%" ?

Bonne soirée,
E.

ffoucart
male
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Bonjour,

Pourquoi et comment?

Déjà j’ai fait mon arbre généalogique papier. Donc, j’ai une base de départ, et j’ai pu valider plusieurs lignées « papier » avec l’ADN. Donc, difficile de voir des NPE (Non Paternal Event) dans ces cas.

Ensuite, je n’ai pas seulement mes résultats mais aussi ceux de mon père et de mes enfants. Donc, je constate que mon père a aussi cette composante (plus de l’Afrique Sub Saharienne).

Si je m’arrêtais là, je me poserai des questions.

Sauf que je regarde les correspondances et que je n’ai aucun pays africain. Et que les seules correspondances d’origine africaine (mais Français ou d’autres pays Européens) sont métissées.

Idem pour les groupes ethniques de MyHeritage: aucun groupe africain.

A la limite, il me propose Almeria en Espagne, mais manifestement une erreur (dans le sens où je n’ai quasiment pas d’Espagnols, et sur les 4, la moitié ne l’est en fait pas (un Nordiste, un Anglais).

Tous les groupes de mon père sont centrés sur le Nord, la Belgique et les Pays Bas.

Maintenant, soyons clairs, mon test est le V3 de 23andme, fait en 2011, importé sur MH. Mon père c’est le V4. Donc, j’ai déjà les résultats de 23andme (et les évolutions depuis 2012, car le service n’existait pas en 2011). Donc, je sais que je suis 100% Européen. Au pire, 0,1 ou 0,3% non Européen (dernière mouture de 23andme). Évidemment, j’ai été sur Gedmatch (plus depuis son rachat). Donc j’ai fait toutes les simulations. Et j’ai mon G25.

Donc, pour résumer, l’analyse ethnique de MH c’est de la « merde ». Et je ne parle pas que pour moi. Il leur arrive de tomber juste, mais trop rarement.

Et je n’ai évidemment pas10% d’Africain. Ni 1% d’ailleurs. Que ce soit du Nord ou Subsaharien. Et mon père non plus.

Bien cordialement,

eikvarnier
male
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Bonjour ffoucart,

merci de répondre.
ffoucart skrev:
23 juni 2021, 08:36
Déjà j’ai fait mon arbre généalogique papier. Donc, j’ai une base de départ, et j’ai pu valider plusieurs lignées « papier » avec l’ADN. Donc, difficile de voir des NPE (Non Paternal Event) dans ces cas.
Je vous réponds en lisant, donc peut-être traiterez vous de ce point plus loin dans votre message:
La généalogie papier est une base, mais comme dit l'adage: maman sure (et encore, les échanges de bébé ça peut arriver) papa peut-être.
Aussi, le taux de ce que vous appeler un NPE semble être autour de 1% de nos jours (donc c'est assez "classique").
Si votre contestation de cette ascendance nord-africaine est assigné à une partie de votre ADN mais que votre arbre papier vous dis qu'une telle ascendance récente n'existe pas ... et bien l'un des deux se trompe, et les deux sont susceptibles de se tromper.
Donc je trouve déjà surprenant que vous affirmiez que votre arbre papier est cohérent avec votre ADN, alors que visiblement vous contestez une partie de votre résultat ADN sur la base de votre arbre papier ???

Vous parliez de 10% d'origine nord-africaine. Si valide, il y aurait un interloper 3-4 générations avant vous. Donc cela concerne 4 couples en gen-3 et 8 couples en gen-4.
Vous avez réussit à exclure tout NPE pour ces 12 couples ? Je suis curieux de voir la méthode pour arriver a une telle certitude (sauf a supposer que le NPE ne concerne qu'un descendant et pas une fratrie et pouvoir tester des descendants sur toutes les branche, la tache semble difficile). Si c'est vraiment le cas, c'est un tour de force incroyable, car cela requiert de faire tester beaucoup de personnes.
Ensuite, je n’ai pas seulement mes résultats mais aussi ceux de mon père et de mes enfants. Donc, je constate que mon père a aussi cette composante (plus de l’Afrique Sub Saharienne).

Si je m’arrêtais là, je me poserai des questions.
Logique.

Sauf que je regarde les correspondances et que je n’ai aucun pays africain. Et que les seules correspondances d’origine africaine (mais Français ou d’autres pays Européens) sont métissées.

Idem pour les groupes ethniques de MyHeritage: aucun groupe africain.
Cela ne prouve rien en soit, si on part du principe que vous avez des origines en nord-afrique, vos lignées proches qui étaient basées là bas n'ont peut-être tout simplement pas été pérennes là bas.

Pour prendre un exemple, dans mon cas j'ai un couple en gen-4 (AAGPs) qui n'a comme lignée pérenne que les descendants de leur petite fille (une de mes grand-mères). Ainsi, par cette branche je n'ai ni second, ni troisième cousins. Sur cette même branche, j'ai une seul cousine et une soeur. La cousine a déménagé du "berceau familiale", donc dans le secteur d'origine, il n'y ni cousins, ni second-cousins, ni troisième cousins.
Mes descendants ne trouveront donc aucun cousinage éloigné issues de cette branche dans la région d'origine.
Il aurait suffit que ma grand-mère bougent, et bien qu'ayant des racines profondes à cet endroit, ces descendants n'auraient trouvé aucun cousinage sur place après quelques générations (et encore plus si la zone d'origine n'est que peu couverte par des tests génétiques).

Des situations de familles qui essaiment peu où qui bougent beaucoup (à cause de la profession par exemple), ce n'est pas si rare. Aussi, même si vous avez peu de concordance, le résultats "nord-afrique" ne peut pas être exclu à 100% avec cet argument.

Pour approfondir, il faudrait avoir accès au modèle de MyAncestry pour voir la tête de leur matrice de covariance entre les populations qu'ils utilisent afin d'évaluer si cette origine nord-africaine est plutôt réaliste ou ressemble à un simple artéfact de traitement de données (leakage induit par la variabilité des populations). Si ce qui vous génère du signal nord-africain est très éloigné de toutes les autres composantes, le signal semblerait réel, si la source du signal est voisine d'autre populations alors la mis-classification n'est pas à exclure. Le bassin méditerranéen a eut beaucoup de brassage, il y a donc de forte ressemblance entre les populations.

Une solution pour voir si ce résultat est un artéfact de Processing ou non consiste à regarder le résultat chromosome par chromosome. Cette origine nord-afrique est-elle porté par un seul chromosome ? Ou par beaucoup ? La longueur des segments concernées est-elle cohérente avec une entré récente dans le génome ?
Normalement, les compagnies comme MyAncestry tiennent compte de ces éléments pour trancher (au moins 23andme le fait).
Si votre origine nord-africaine qu'il prétendent trouver est portée par 1 ou 2 chromosomes et que les segments sont relativement long ... ça sent plutôt que cette origine est réelle, si les segment sont nombreux, courts, et sur plein de chromosomes ... ça sent l'erreur de classification car ça ne serait pas une origine récente.


A la limite, il me propose Almeria en Espagne, mais manifestement une erreur (dans le sens où je n’ai quasiment pas d’Espagnols, et sur les 4, la moitié ne l’est en fait pas (un Nordiste, un Anglais).
Même chose qu'avant, les "matchs" ne sont pas forcément aussi indicatifs que ça (il peuvent prouver une origine/migration de personnes liées à l'individu testé, mais les "matchs" n'invalideront jamais une origine). Le nombre de "matchs" dépend du succès des lignées à se diffuser ... certaines lignées sont en galère et n'ont que peu de descendants.

Donc en fait, pour l'instant vous avez un argument pour dire que cette "origine" est suspecte:
--Non-cohérente avec l'aspect "officiel" de votre arbre (pour l'instant rien lu qui permette d'exclure des NPE européennes ou autres).
--Peu de matchs avec les locaux actuels du secteur concerné.
Cela peut justifier de creuser, mais vous n'avez pas encore prouver que cette assignation est une erreur.

Est-ce seulement MyHéritage qui vous trouve cette origine ? Ou apparait-elle dans d'autre classifier ?
Tous les groupes de mon père sont centrés sur le Nord, la Belgique et les Pays Bas.
Vous pouvez avoir 90% de vos ancêtres au même endroit, ça n'empêche en rien qu'un voyageur a pu contribuer au 10% restant
Maintenant, soyons clairs, mon test est le V3 de 23andme, fait en 2011, importé sur MH. Mon père c’est le V4. Donc, j’ai déjà les résultats de 23andme (et les évolutions depuis 2012, car le service n’existait pas en 2011). Donc, je sais que je suis 100% Européen. Au pire, 0,1 ou 0,3% non Européen (dernière mouture de 23andme). Évidemment, j’ai été sur Gedmatch (plus depuis son rachat). Donc j’ai fait toutes les simulations. Et j’ai mon G25.
Le modèle de 23andme a aussi ses limitations, même le V5 (ne parlons même des "traits" qui dans mon cas sont à moins de 50% de corrects ... ils auraient fait mieux avec un tirage aléatoire :-) ).
Après tout modèle/fit admet des limitations, invalider les résultats d'un modèle parce que un autre dit autre-chose, s'approche plus de "cherry-picking" qu'autre chose.

23andme me met aussi 100% européen, quoique cette terminologie veuille dire ... il ne sont pas très claires sur ce qu'il entendent pas là. Pour eux c'est quoi un génome "européen" ? Il faut qu'il soit en Europe depuis combien de temps pour être européen ?

Quand vous dites 100% européen d'ailleurs, vous êtes sur quelle niveau de confiance ? 50%, 60%, 70%, 80% ou 90% ?
Donc, pour résumer, l’analyse ethnique de MH c’est de la « merde ». Et je ne parle pas que pour moi. Il leur arrive de tomber juste, mais trop rarement.
Chaque modèle a ces limitations, et réaliser un ajustement multi-composantes quand les composantes sont massivement corrélées et présentes une variabilité intrinsèque forte devant la distinction entre populations elles mêmes est un exercice fort compliqué.
Et je n’ai évidemment pas10% d’Africain. Ni 1% d’ailleurs. Que ce soit du Nord ou Subsaharien. Et mon père non plus.
En tout cas, votre explication explique vos soupçons sur le résultat de MyAncestry, mais vous n'avez en rien prouvé via vos arguments que leur résultat était faux. Il y a un monde entre le doute et la certitude.
Toutefois, votre vive réaction envers MyAncestry donne l'impression que vous vous sentiez insulté ... et c'est cela qui m'intriguait !

Amicalement,
E.

cai000040
cai000040
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eikvarnier skrev:
23 juni 2021, 11:19
... vous vous sentiez insulté ...
Bonjour,
je doute que qui que ce soit ayant pratiqué la génétique des populations se sente insulté d'avoir des origines en Afrique !
Par contre, je comprends qu'on se sente agacé par des approximations multiples et non documentées.
Par ailleurs, on a dit des dizaines de fois que les interprétations des labos se font sur base de populations de référence, et donc si on est comparable à une population, cela ne veut pas dire qu'on a des ascendants dans cette population, mais bien qu'on a des ascendants communs avec cette population.
Cordialement

eikvarnier
male
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cai000040 skrev:
23 juni 2021, 12:02
Par contre, je comprends qu'on se sente agacé par des approximations multiples et non documentées.
Pour être pleinement rigoureux ... la démonstration proposée de la dite "erreur" est tout autant approximative.

Ce plaindre d'un manque de rigueur quand l'on pratique également une rigueur approximative me semble très discutable.
Par ailleurs, on a dit des dizaines de fois que les interprétations des labos se font sur base de populations de référence, et donc si on est comparable à une population, cela ne veut pas dire qu'on a des ascendants dans cette population, mais bien qu'on a des ascendants communs avec cette population.
Vous répondez à qui/quoi ?

E.

ffoucart
male
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eikvarnier skrev:
23 juni 2021, 13:03
cai000040 skrev:
23 juni 2021, 12:02
Par contre, je comprends qu'on se sente agacé par des approximations multiples et non documentées.
Pour être pleinement rigoureux ... la démonstration proposée de la dite "erreur" est tout autant approximative.

Ce plaindre d'un manque de rigueur quand l'on pratique également une rigueur approximative me semble très discutable.
Par ailleurs, on a dit des dizaines de fois que les interprétations des labos se font sur base de populations de référence, et donc si on est comparable à une population, cela ne veut pas dire qu'on a des ascendants dans cette population, mais bien qu'on a des ascendants communs avec cette population.
Vous répondez à qui/quoi ?

E.
Re,

Désolé, je ne vais pas vraiment répondre. Trop long et inadapté.

Le problème c’est que vous croyez comprendre, et qu’il vous manque manifestement des éléments. Croyez-vous vraiment que les populations africaines (toutes) puissent être facilement confondues avec des populations européennes alors que leurs ethnogenèses sont différentes et ne font pas appel aux mêmes populations de base?

Un voyageur? : :lol: 10% voudrait dire un ancêtre très proche (au niveau des arrières grand parents). Donc impliquerait nécessairement des IBP ou des IBC à minima avec la population d’origine, et évidemment des IBP même lointains. Il n’y a rien de tout cela. Sur aucune des bases où mon génome figure ou figurait. Idem pour mon père.

Ou alors il faudrait une ascendance lointaine dans une population endogame (ex dans une région de Galice où la population a un niveau élevé (10/15%) de Nord Africain. Typique d’un effet fondateur. Problème: les parents de mon père n’ont pas de lien de parenté entre eux à horizon observable et viennent de sous régions différentes. Accessoirement, la Flandre n’est pas spécialement connue pour avoir eu une présence Nord Africaine forte :lol:

23andme fonctionne par micro haplogroupes. Donc ils comparent des mini segments dans leur base suivant les origines déclarées. Ce qui fait que dans leur 1ère mouture j’étais 100% French & German car étant l’un des rares français de leur panel. Ils ont modifié leurs algorithmes et j’ai vu apparaître de l’Africain en 2019, mais comme c’est à l’état de « trace » cela n’a pas vraiment d’intérêt puisque l'on reste largement en-dessous de la marge d'erreur. D’autant qu’ils mettent 5% d’Iberique, ce qui tout aussi faux. Et pour information, ils trouvent de l'Ibérique a beaucoup de Français du Sud (ma grand mère était auvergnate). Accessoirement, 23andme me donne du Nord Africain sur un chromosome, et venant tant de ma mère que de mon père, au même endroit! Donc, très douteux. Car à moins que mes parents aient été de la même famille (Gedmatch a un outil qui permet de vérifier la consanguinité), ce qu'ils n'étaient pas, la probabilité d'avoir hérité des deux parents ce métissage improbable est extrêmement faible.

De toutes façons, les calculateurs d'ethnicité ont une fonction ludique. Simplement, elle est mise en avant pour des raisons commerciales. Et je suis franchement outré de l’utilisation qui en est faite. C’est de la publicité clairement mensongère.

Insulté d’avoir des origines africaines? :lol: On m’a déjà fait le coup sur la partie Caucasienne des Yamnaya que d’aucuns veulent identifier à une migration venue d’Iran. Etant Français, je devais forcément mal supporter d'avoir des origines au Moyen Orient (c'était en 2016). Bizarrement, depuis le papier de Wang et al. en 2018 ils ont arrêté. Il faut dire que les auteurs ont été bien embêtés de constater une frontière génétique sur le Caucase, et que même leur « subtil » apport du Sud est critiqué dans le peer review. Mais comme leur postulat de départ était celle d'une transmission démique du Proto Indo Européen par une migration venue du Sud du Caucase, ils ont du mal à encaisser le choc de leurs résultats (confirmé indirectement quelques temps plus tard par un article de Kristiansen modelisant les Yamnaya avec une autre population caucasienne ayant divergé plus tôt). C'était pourtant assez clair depuis un moment, et mon analyse (tout amateur que je suis) des haplogroupes mt publiés laissaient peu de doutes sur l'absence de contribution significative des populations du Sud du Caucase aux populations Yamnayas. Sachant que Wang et al se retranchent derrière des similitudes entre haplogroupes mt entre populations des Steppes et Caucase pour défendre une contribution subtile (sauf qu'il s'agit de sous-clades différents, au mieux, donc des branches séparés depuis des milliers d'années à l'époque où vivaient les individus analysés). Donc non seulement il n'y avait rien au niveau haplogroupes Y, rien au niveau autosomes (au niveau décelable en tout cas), mais rien non plus au niveau haplogroupes mt contrairement à leur conclusion envisageant une contribution subtile. C'est sûr qu'il est plus simple de supposer un biais émotionnel ou intellectuel que d'essayer d'appréhender les faits.

Donc, je n'en ai que faire d'avoir ou non des origines africaines, ou est asiatiques ou je ne sais quoi encore. De toutes façons, j'en ai tôt ou tard. Au moins à l'époque romaine, puisque les échanges entre les différentes provinces étaient nombreux. On a bien retrouvé un levantin sur le Mur d'Hadrien... Mais là, c'est juste ridicule.

Accessoirement, je peux modéliser mon génome sans contribution africaine (pas de Taforalt par exemple), ce qui serait impossible avec 10% de Nord Africain. Et mon haplogroupe mt vient du Moyen Orient relativement récemment (Antiquité, Haut Moyen Age ? Avec les Romanis, les marchands syriens (mais venaient-ils avec leurs femmes), les Juifs (bizarrement les 2 correspondances sur FTDNA (sur 3) viennent ou sont à proximité de lieux ayant abrité des Juifs au Moyen Age).

Donc, conclusion mes ancêtres africains les plus récents sont lointains et ne m’ont pas transmis de signal génétique identifiable. Si j'en ai de plus proches, ils ne m'ont rien transmis de leurs génomes.

Bien cordialement,
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eikvarnier
male
Inlägg: 137
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Le problème c’est que vous croyez comprendre, et qu’il vous manque manifestement des éléments.
Si vous ne donnez pas les éléments, je ne peux les deviner.
Pour ce qui est de croire comprendre ... je vous laisse croire que vous avez compris :-).
Mais disons qu'ouvrir par un pseudo argument d'autorité ça ne met pas en confiance sur la qualité de ce qui va suivre.
Désolé, je ne vais pas vraiment répondre. Trop long et inadapté.
Autant ne pas répondre du tout alors, plutôt que ce vous m'avez proposé là. Ca non-plus ça ne met pas en confiance.
23andme fonctionne par micro haplogroupes. Donc ils comparent des mini segments dans leur base suivant les origines déclarées.


C'est la façon la plus simple de faire de la classification ... avoir un échantillon de référence et classer en fonction des similitudes. Les techniques pour arriver à la classification sur ce principe sont légions allant du "clustering" bête et méchant à des trucs plus sexy à base de réseaux neuronaux artificiel (souvent plus performant, si correctement entrainé).
Ce qui fait que dans leur 1ère mouture j’étais 100% French & German car étant l’un des rares français de leur panel. Ils ont modifié leurs algorithmes et j’ai vu apparaître de l’Africain en 2019, mais comme c’est à l’état de « trace » cela n’a pas vraiment d’intérêt. D’autant qu’ils mettent 5% d’Iberique, ce qui tout aussi faux.
Oui, oui, nous avons bien compris ... tout le monde à tort sauf vous.
Il semble toutefois que plusieurs classifications tendent à vous trouver des choses qui se passent près de la méditerrané.

Par ailleurs, vous semblez sous-entendre que 23andme aurait inclus votre échantillon dans son échantillon de référence pour vous classifier ... si ils font ça, vous pouvez jeter le résultat, il ne vaut rien.
Si il ne le font pas (le plus probable si ils ont sous la main n'importe qui avec un minimum de connaissances en statistiques), votre explication de pourquoi le premier résultat vous donnait 100% Français n'est pas valide.
Bien au contraire en fait, face à un faible échantillon de référence des considérations de variance tendraient à diminuer votre match avec votre "vraie" population. Pour produit un excès de "Franchitude" ils faudrait justement un fort échantillon Français est de faibles échantillon pour les populations voisines ... le tout implanté dans un modèle qui pondère mal le nombre d'échantillons disponibles.

Sinon, j'ai esquissé un sourire (c'est toujours ça de pris) en lisant:
-"Donc impliquerait nécessairement ...",
-"Ou alors il faudrait ...".
L'enchainement "nécessairement" et "Ou alors" est très audacieux dans un argumentaire.
Et mon haplogroupe mt vient du Moyen Orient relativement récemment (Antiquité, Haut Moyen Age ?).

Donc mes ancêtres africains les plus récents sont lointains et ne m’ont pas transmis de signal génétique identifiable.
L'enchainement logique entre la proposition au dessus et le "Donc" est fort nébuleux ... enfin bon, je ne vais pas tout relever, on aurait pas fini !

J'ai tenté une discussion avec vous, je n'ai reçu aucune réponse exploitable, et peu voir pas de raisonnements valides, je pense que l'on ne m'y reprendra plus,
Bonne continuation, bonne recherches,
Amicalement,
E.

cousinhub38
cousinhub38
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Hi hi les échanges ici sont plus drôles qu'à Roland Garros

ffoucart
male
Inlägg: 863
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eikvarnier skrev:
23 juni 2021, 15:09
J'ai tenté une discussion avec vous, je n'ai reçu aucune réponse exploitable, et peu voir pas de raisonnements valides, je pense que l'on ne m'y reprendra plus,
Bonne continuation, bonne recherches,
Amicalement,
E.
Pas de problème. Vous avez clairement des connaissances en statistiques, mais aucune en génétique des populations ou en paléogénétique. Et probablement pas énormément en Histoire, car tout n'est pas possible (on ne trouve pas un Océanien en Europe en 1300, par exemple).

Par ailleurs,vous m'avez mal lu. C'était déjà le cas dans votre premier post (vous avez commencé à me répondre avant même d'avoir fini de le lire). 23andme, sur les demandes de ses clients, a mis en place un système de calcul d'ethnicité fin 2011/2012. Ils ont créé des groupes "ethniques" notamment avec leurs clients. Vous étiez sélectionné si vous aviez 4 grands parents du même pays, ce qui est mon cas (j'avais dûment complété leur questionnaire). Et effectivement, ils ont oublié de retirer les échantillons composant le panel lorsque les individus le composant étaient analysés. D'où le 100%. Ce qu'ils ont assez vite promis de corriger (nous avons fait remonter l'info, et ils ont reconnu l'erreur), et ce qu'ils ont finalement fait dans la 2ème mouture.

Or, le problème n'était pas que j'avais 100% (ce qui serait normal), c'est que les personnes autour de moi (et ne faisant pas partie du panel), n'avaient jamais 100%. C'étaient donc clairement un défaut de conception.

Proche de la Méditerranée? Ben, ma grand mère maternelle est Auvergnate, donc forcément, j'ai une ascendance proche de la Méditerranée! :lol: C'est juste qu'elle n'a rien à voir avec une origine en Afrique du Nord (un Provençal et un Algérien n'ont génétiquement rien à voir).

Néanmoins, si je suis très logique (je me fais souvent l'avocat du Diable, et ne manque pas de relever les fautes de logique), je ne fais pas du Frege dans le langage courant. Ce qui est le cas ici, sur un forum grand public. Vous vous arrêtez donc sur des points sans intérêt pour la discussion. L'impression que vous me donnez c'est du doigt qui cache la forêt.

Concernant MyHeritage, je n'ai pas besoin de disséquer une crotte pour savoir que c'est de la merde. Donc, par analogie, que le calculateur d'ethnicité de MyHeritage n'a pas grand intérêt (et soit dit en passant, le concept même n'a pas grand intérêt).

Sinon, pour information, vous avez proposé de scinder les fichiers par chromosomes, voire par segments. Cela n'a rien de nouveau, et peut d'ailleurs être effectué sur Gedmatch. Je connais d'ailleurs quelqu'un qui a écrit un programme sous R pour projeter les résultats sur une carte (en espérant justement repérer des origines ethniques différentes par segments). Cela marche, mais en définitive cela donne peut d'information utilisable. Rien que l'on ne puisse obtenir autrement.

Sachant que nous sommes aussi vite limités par le nombre de SNPs figurant dans les offres commerciales. Au mieux quelques dizaines de milliers. Ce qui peut donner des résultats différents suivant les fichiers pour un même individu (à la marge généralement). On est loin du million qui serait nécessaire.

Bien cordialement,

Låst

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